在剑柱被毁时锁妖塔也倒塌了。月如为了救小李和灵儿被碎砖压死。李逍遥和灵儿却被懊悔的剑圣救到云南大理城外白苗圣姑隐居处。圣姑发现灵儿已有身孕，要小李去找凤凰蛋和麒麟角为灵儿安胎。在房子的右边采两支香蕉送给神木的猴儿，可以上到树顶，那金翅凤凰很好修理，打败它可以得到风灵珠。好不容易要得蛋就倒手了，却被半路上杀出来的苗女阿奴夺走。为了凤凰蛋，只有同她一起去寻宝。可惜宝虽有不少，却没有他想要的水灵珠。在神木树旁还有一片桃林，使用风灵珠可以进入一探其奥秘。回到圣姑居处后才知道阿奴是白苗头领的女儿，又和她一起去大理城取麒麟角。进入了大理城，到麒麟洞口，骗走守卫可以入洞。洞中的火麒麟倒是个和善的老人，不但给了他的角还有火灵珠。出洞后来到城中的神殿祭拜，却被肿入了巫后 ( 灵儿的母亲 ) 神像中，回到了十年前的过去。十年前，南绍黑苗王在拜月教主的威逼下要杀巫后娘娘。李逍遥通过石长老取回了娘娘的天蛇杖，救娘娘出困。但拜月教主却放出不死的水魔兽追杀，终于巫后娘娘和它同归于尽。
    李逍遥万幸脱困，却被金翅凤凰送回故乡余杭县。在余杭县见了少时的灵儿和她姥姥，也见到了当年的水月宫主。水月宫主告诉李逍遥想回到现世中，必须满足自己的心愿才行。在山神庙西面可以见到少时的自己，用一把木剑换得了爸妈交给小李的水灵珠。于是，一阵天旋地转，李逍遥又回到了现实。
    回到神殿后，和阿奴一起到圣姑家中，刚好赶上灵儿临产，得神药之助顺利地生下一个女婴。圣姑又让小李去试炼窟为她捉 36 只傀儡虫。在试炼窿不用仔细走遍，捉够虫子回来即可。数日后，灵儿身体恢复，与李逍遥一同出发，这时可以再去试炼洞。在洞的最下层可以找到女祸神的遗迹，学会土、水、风、火、雷五种神术 ( 不去也可 ) 。这时大理城外黑、白两族由于久旱无雨正在为水源而大打出手。三人进入大理城神殿，巫后娘娘会显灵将自己的衣钵传给灵儿，来到神殿后面的神坛，将刚得到的圣灵珠放入石碑中，再将五个神珠放入凸起的祭台中，灵儿就可以施法求雨了。
    久旱适甘雨，两族的争头就停了下来。当欢庆之时，拜月教主又派地魔兽来捣乱，于是一行人追杀入地道，一直来到了黑苗族的宫殿。在这里，李逍遥等人与拜月教主展开了一场世纪之战。最后拜月教主不敌众人与水魔兽合体，而灵儿飞上天际与其同归于尽。

攻关密技
    1 、在遇见阿奴的师父的地方，看看屋外右边第二棵树，就能得到“鼠儿果”。一直按空格键就可以一直得，但最多只能有 99 个。
    2 、在巨树林中有一个桃林终年云遮雾蔽。当拿到风灵珠时，可以用来驱散云雾。往里面一直走可以找到桃源村。村后会遇到木道人，打死他就可获赠“寿桃芦”，这可是个好东西，每回合可补血、真气二十点。
    3 、当李逍遥与巫后逃命时，水魔兽会一直追杀。但用“飞龙探云手”可偷到很多毒龙胆，这样就不怕七大毒蛊了。
    4 、在尚书府时为了请来道士，云姨会给你三万元，而你可以用了去买东西，如武器……　把钱用完或者低于一万五千元时，可以再去找云姨，她会再给你三万元。但是最多只能拿三次共九万元，已经足够了。